对发生银杏叶枯病的田块，应在发病后和初冬落叶后集中清理病残体。平时要加强肥水管理，杜绝与松树、水杉间作，防止雌株过量结果，及时防治地下害虫。化学防治应在发病初期用40%多菌灵胶悬剂500倍液向树冠喷雾;8-9月发病盛期，可用70%代森锰锌可湿性粉剂600-800倍液喷雾，每隔 15-20天喷1次;后期适当喷1:2:200的波尔多液保护。银杏苗木一般在6月中旬(少数地方在5月中旬)、大树在7-8月表现出叶枯病症状，8-9 月是危害高峰期，到10月逐渐停止。同一条件下，大树比苗木抗病。同龄大树，雌树由于大量结果，消耗养分较多，抗病力下降，发病率常高于雄树。土壤缺肥、低洼田积水、植株根部受伤等因素易导致植株感病。银杏与大豆间作发病轻，与松树间作发病重，距水杉近发病重。