进入秋季，肥水减半，由夏季追施无机肥及有机肥转为以复合肥为主，其后有机肥缓施或停止使用。因牡丹是秋季发根，若花芽分化期、孕育期没有发达的根系，很难保证来年如期开花。地面湿度大，难以追施其他肥液，追施复合肥最理想。秋季补足肥源，促发牡丹根系健壮发育，使枝干增粗，准备足够的营养，供孕育花蕾。

　　由秋季转入冬季，必须控制肥水，以少量饼肥或微生物肥为主(豆饼、小鱼、小虾、贝类)，离根部30厘米左右挖坑追施，疏松土质。由于牡丹耐旱耐寒性强，如果不严控肥水，晚秋、初冬时气温不降，会促进现蕾长叶，遇到突发寒流会冻坏花蕾，影响来年开花。所以，秋冬肥水管理中物候观察尤为重要。

　　转入冬季，牡丹叶片停止生长，处于休眠期。老株牡丹休眠比一般牡丹要早1周左右，枯叶落地，若秋季雨多，地面湿度大，枯叶覆盖地面，必须及时清园，扫清所有枯叶，集中处理，以减少来年灰霉病、褐斑病的发生。还要清理好沟槽及排水系统，防止冬季雨雪过多，使牡丹安全越冬。